1864年击败太平天国后，尤其1860年代末、1870年代初平定了捻军和回民起义以后，清朝进入一个国内形势相对稳定的时期。
然而，清朝很快遭遇邻国的新威胁。
在新疆，1860年代迅速蔓延的穆斯林叛乱招致阿古柏所领导的浩罕军队的入侵，他很快击败了其他竞争对手，于1870年占据了南疆以及北疆部分地区，这又招致沙俄于1871年侵占了伊犁，以扩张其在中亚的利益。
浩罕的军事入侵以及在新疆建立独立政权，重复了清朝在17世纪晚期和18世纪曾经面临的地缘政治危机。为了征服中亚宿敌，清政府不得不动用巨额军费，确�：笄诓垢�，因为新疆与内地省份相距遥远。不过，由于浩罕的军事装备水平并不比清军优良，所以清军也无须升级自己的武器装备。
1870年代早期几乎同时发生的新疆和台湾事件，在疆吏中引发了“塞防”与“海防”两种战略孰为优先的争论。双方的支持者各自给出自己的理由。陕甘总督左宗棠身兼负责西北军务的钦差大臣一职，他虽未贬低海防的重要性，但对塞防倡导最力。
左氏援引历史来说明塞防的优先地位：清朝的盛世之君反复用兵西北，是因为在其看来，新疆是蒙古安稳的关键，而蒙古又是京师安稳的关键。对于左宗棠来说，他所处的时代与康熙和乾隆朝唯一不同的地方，在于沙俄取代准噶尔，成为中国最为严重的长远威胁，因为俄国不仅与中国之间有自西北到东北的漫长边界，而且还占据了伊犁。如果清军放弃西北的防卫，“则我退寸而寇进尺……于海防未必有益，于边塞则大有所碍”(ZZT，6：191)。
左宗棠在主张塞防方面并不孤单。
其他某些疆吏，诸如湖南、山东、江苏等省巡抚，也同样担忧沙俄的潜在威胁。山东巡抚丁宝桢便认为，“各国之患，四肢之�。荚抖�，俄人之患，心腹之疾，患近而重”(转引自贾熟村2004：91)。
左宗棠的最有力支持者是吏部尚书、军机大臣文祥(1818—1876)，他与恭亲王奕䜣(1833—1898)同为同治朝中枢重臣。文祥的看法与左一致，指出本朝不同于疆土仅限于内地各省的前明，因此同样强调新疆之于蒙古、蒙古之于京师的战略重要性。
事实证明，文祥的意见后来对于慈安、慈禧太后决定由左宗棠出征阿古柏起了关键作用。
直隶总督、北洋大臣李鸿章对海防最为热心，而对塞防的重要性则轻描淡写。
李鸿章首先指出，近几十年来，中国地缘政治环境已经发生了重大变化。过去历朝历代均聚焦于西北内陆边防，目下的中国正面临“数千年来未有之变局”，“东南海疆万余里，各国通商传教，来往自如，聚集京师及各省腹地，阳托和好之名，阴怀吞噬之计，一国生事，诸国构煽”。同时，中国还遭遇“数千年来未有之强敌”：“轮船电报之速，瞬息千里；军器机事之精，工力百倍；炮弹所到，无坚不摧，水陆关隘，不足限制。”(LHZ，24：825)一句话，中国进入了历史上从未见过的全新时代。
李鸿章进而点出了攸关中国战略利益的两个沿海地区：直隶的大沽、北塘和山海关地区，是京城的门户，“是为最要”；其次是从江苏吴淞到江阴一带，系长江门户，而长江口流域是中国最富庶之地。
相形之下，李鸿章发现，乾隆时期即已归入版图的新疆，平时每年耗费国家300万两白银，“徒收数千里之旷地，而增千百年之漏卮，已为不值”。更有甚者，李还声称，西部边陲已经被俄国、土耳其、波斯和英属印度所包围，“即使一时收复新疆，将来也不会保全”。
因此，他主张终止在西北的军事行动，从前线撤军，把经费由西北转用于海防。在他看来，解决西北边疆危机的最好办法，是允许那里的回部自治，并像越南、朝鲜和西南诸省的土著那样接受清朝的册封。“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则腹心之大患愈棘。”(LHZ，24：825)一句话，李鸿章的观点是让广袤的新疆回到1760年代前的初始状态。
大部分沿海各省的督抚以及一些满人大臣也都支持李鸿章的观点。
但是在1874年末和1875年初的这场辩论中，最终胜出的还是塞防的倡导者。他们的获胜，有多方面的原因。
首先，不管李鸿章如何洞悉中国进入了一个在地缘政治和敌手装备方面全然不同的时代，也不管李鸿章如何强调实现海防和海军现代化的重要性(事后发展证明，这的确是决定19世纪晚期中国命运的关键因素)，用一笔数目不大的赔款就和平解决了日本入侵台湾问题，这远未让清朝的上层精英从中警醒，意识到海防的重要性和李鸿章所说到的中国正面临“数千年来未有之变局”的真正含义。
对于大多数统治精英来说，麻烦已经结束，日本这样的“蕞尔小国”，远非真实而急迫的威胁；海防从长远来说对中国的生存确实十分重要，但远不像塞防问题那样迫在眉睫，因为此时新疆广大区域已陷入敌手。
其次，清廷和大部分统治精英在理解中国的地缘政治利益和战略时，依然停留在历史的语境里，认为中国是内陆国家，新疆之所以重要，不仅因为它拱卫蒙古和京师，还因为它是祖辈留下的遗产，对维护当朝统治者的正当性至关重要。
最后，清政府挺过了1850年代和1860年代的内忧外患，各省恢复安定，与列强重新修好，财政状况也大为改善。所有这些因素加上一起，促成清廷决定以塞防为优先，因而有1875—1878年左宗棠传奇性的出兵西征和收复新疆。
左宗棠西征获胜的决定性因素是朝廷提供的巨额财政支持。
其中1875—1877年为2670万两白银，1887—1881年为2560万两白银，这样7年间共计5230万两白银(Fairbank and Liu 1980：239)。事实上，1875—1877年的西征实际花费可能高达4271万两，而西北塞防的总投入(自1875年西征开始至1884年新疆设省)则更多，介于7000万两至8000万两之间(周育民2000：266—267)。那么，清廷是如何为塞防筹措巨资的？
西征最重要的财源是来自各省的协饷，总计2049万两，大约占左宗棠1874—1877年所收到的全部经费的48%。每年清廷下派给各省的协饷数额不等，其中安徽省240000两，江苏省360000两，福建、江西、湖北各480000两，广东840000两，浙江1440000两，这些款项大部分来自各省征收的厘金。
每年各省为左宗棠的西征所上解的协饷账面总数应超过700万两(GXCD，1：167)。但是各省鲜有如数上解者。例如，1874年左宗棠实际上仅收到469万两(蒋致洁1988)。根据左宗棠1875年10月的一份奏折，自其1866年负责西北军务以来，各省总共拖欠的协饷达2740万两，仅福建一省就拖欠逾300万两(GXCD，1：167；史志宏、徐毅2008：141)。在接下来的数年，情况亦未见好转(蒋致洁1988)。
为了弥补军费缺口，左宗棠不得不借助第二种来源，即向国内外借款。
在新疆西征三年，靠商人胡光墉(1823—1885)作经纪人，左宗棠从外国银行获得三笔贷款，其中1875年两笔(分别为100万两和200万两)，1877年一笔(500万两)。此外，左还向国内富商借款560万两。这些债务均由各省和海关偿付，以抵消他们向左宗棠拖欠的协饷。清廷要求各省和海关管理者在交易文书上盖章，保证及时还贷(马金华2011：71)。
因此，这些总计达1360万两的债务也可以被算作协饷的一部分。其他来源包括户部从银库积存中直接拨款(1874—1877年总共拨给左宗棠450万两，占此间左宗棠收到的全部款项的10.5%)、捐输以及其他各种来源。
这样，尽管各省普遍拖欠为西征承担的协饷，左宗棠实际上收到的经费，包括三年军事行动中计收到4200万余两，十年(1875—1884)的塞防共收到7000万两以上，足够支撑他取得战场上的胜利。同时，左宗棠个人的果敢以及厚待士兵所激发出来的高昂士气，对新疆的克复也发挥了不可忽视的重要作用。
收复新疆无疑是同光中兴的最大亮点。
西征的财政支撑，显示了上一章已经讨论的晚清“地方化集权主义”机制实际运作的理想状态。左宗棠军事经费中的近80%系来自各�。庑┳式鸹蛘呤切�，或者是因拖欠协饷而偿还左宗棠所借的债款。各省经费的最主要来源是厘金，由各省征收和管理，不受中央的直接控制。
各省督抚之中，有的想方设法拖延和减少他们承担的协饷，有的就协饷之数额与中央讨价还价，还有的则尽其所能去援助左宗棠；其态度取决于他们与左宗棠的私人关系，因此西征印证了早在太平天国运动时即已产生的地方主义的持续存在。
然而，不像1850年代曾国藩和其他督抚那样——在镇压叛乱的艰难岁月里，由于传统的财政体制的崩坏，他们得不到中央政府的切实支持，只能靠自己筹饷去供养各自的军队，左宗棠却源源不断地得到了朝廷的大力支持。
由于重建了解款制度，户部有能力从国库盈余中拨付巨额款项给左宗棠，这与1850年代的捉襟见肘不可同日而语；户部还能向各省(尤其是因征收厘金而有巨额收入的东南省份)摊派协饷，强制拖欠协饷的省份偿还左宗棠所借的国内外借款。一句话，造成西征财政支撑相对成功的，是赋税征收上的地方主义和收入再分配上的集权主义的结合。
西征的成功也使清朝中央强化了对新疆的管辖，最终将其纳入内地的行省体系。在1750年代末1760年代初平息准噶尔和维吾尔叛乱后的一个多世纪里，除了在汉人聚居的新疆东北部设立了若干府县，清廷在新疆其他地方所施行的是所谓军府制度。在这种制度下，伊犁将军地位最高，统帅驻守新疆各地的军队。
各地的民事管理权则归当地的地方首领，在伊犁和新疆南部的维吾尔人聚居地实行伯克制，在新疆其他地方的蒙古人、哈萨克人、维吾尔人聚居地实行扎萨克制(马汝珩、马大正1994：333—356；Perdue 2005：338—342；Cassel 2011：19)。而新疆各驻防单位的关键职位，从伊犁将军到各级下属，则几乎均由满人担任。
各地的军府后来大多被当地乱民和浩罕入侵势力所摧毁。左宗棠的西征及其随后对新疆的控制改变了当地的政治景观。新疆各地的关键军政职位均落入左宗棠属下汉人手中(所谓“湖湘弟子满天山”)(王力2010：15)。左宗棠进而提议把新疆变成一个普通的行�。帽曜嫉墓倭盘逯迫〈钡氐木贫�。其冠冕堂皇的理由当然是为了强化清政府对新疆的控制，但更实际的考虑则是为其下属(多为汉人)继续掌控新疆民政职位铺平道路。
因此，新疆的行省化实质上是太平天国期间及其后汉人官僚强势崛起这一趋势的延续。
清廷对左宗棠的建议最初犹豫不决，便不足为奇。最终落实的则是一种折中方案，即1884年新疆正式变成行�。晾缃驳靡员Ａ�，但不再是全疆最高军政长官，而被降格为负责有限区域(伊犁和塔尔巴哈台)防务的八旗军统领，新疆的其余地区则设置府县，由新疆巡抚管辖。全疆的伯克和扎萨克制度均被取缔，一大批当地土著居民由原先充当本地贵族的农奴，变成土地所有者和纳税者(马汝珩、马大正1994：359—360)。
后来的事实证明，1880年代新疆的内地化是其在民国期间进一步融入全国的关键一着。由于新疆建省后大部分政府职位掌握在汉人手里，因此辛亥易帜后，他们对新疆的控制得以延续；这些汉人官僚理所当然地视新疆为中国的一部分。
与此形成鲜明对比的是，虽然清廷原本计划在外蒙古设置两个行�。恢蔽茨苈涫�，因此汉人官僚对外蒙古行政系统的渗透有限，加上这一区域的汉人移民也很少，这些都导致清朝覆灭后外蒙古王公贵族对中国的国家认同迅速消失，最终在民国时期脱离中国。
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